Hvorfor SARS-CoV-2 ser ut til å ha et naturlig opphav

Etter min forrige bloggpost om lablekkasje ble det en del debatt, som forventet. Det lærer jeg av, men mens forrige bloggpost fokuserte på argumentene fra Langsikt-notatet, skal jeg her se mer fokusert på de mer vitenskapelige argumentene for hvorfor SARS-CoV-2 mest sannsynlig ikke ble skapt ved Wuhan Institute of Virology (WIV).

Dette er ganske krevende materie, og jeg er ingen virolog, molekylærbiolog eller noe i nærheten av det. Men jeg har lest mye og forsøkt å finne ut hva som gjør at sentrale virologer ganske tidlig mente at en lablekkasje som opphav til SARS-CoV-2 var lite sannsynlig, og hvorfor den konklusjonen har blitt styrket over tid.

Det er mye stoff å ta av, men jeg har forsøkt å plukke ut de poengene jeg synes er det viktigste, og så lenker jeg til en del mer lesestoff i bunnen av bloggposten for de som vil fordype seg mer. Jeg anbefaler også å se videoene som jeg inkluderer i bloggposten.

Skulle noe av det jeg har skrevet være feil, i form av “misforstått” eller dårlig forklart biologi/genetikk, håper jeg at kompetente folk vil korrigere meg slik at jeg kan forbedre teksten.

Furin Cleavage Site

En av de viktige momentene for at SARS-CoV-2 (SARS2) ser “menneskeskapt” ut er at det har en Furin Cleavage Site (FCS) som man ikke har sett i andre koronavirus i SARS-familien (undergruppen sarbecovirus i betakoronavirus-slekten - som det er beskrevet rundt 1500 varianter av).

Det virker mystisk. Hvordan skulle denne ha oppstått helt plutselig i 2019?

De fleste har sett bilde av et SARS2-virus som en ball med pigger på. Disse piggene er proteiner nødvendige for å infisere menneskelige celler og består av to deler, kalt S1 og S2. Når viruset har koblet seg til en ACE2-reseptor på overflaten av en menneskecelle ved hjelp av S1, må S1 og S2 splittes opp slik at S2 kan sørge for selve “sammenkoblingen” til cellen slik at viruset kan komme seg inn i cellen og replikere der.

Denne kløyvingen skjer ved hjelp av enzymet furin (som fungerer som en slags biologisk saks), og stedet dette “kuttet” skjer kalles en Furin Cleavage Site (furin kløyvingssted).

Kan en FCS ha blitt skapt ved Wuhan Institute of Virology (WIV)?

Vi vet at det er gjort forskning på å legge inn en FCS i koronavirus gjennom genetisk modifisering tidligere, noe som er beskrevet i en håndfull studier. Og vi vet at DEFUSE-prosjektet beskrev dette som en av sine målsetninger.

Her ønsket de å ta et eksisterende virus, en såkalt “ryggrad”, og gjøre mindre genetiske endringer på dette for å se hvilke effekter det vil ha på virusets smitteevne og sykdomsfremkallende evne i dyr og mennesker.

Men DEFUSE fikk ikke finansiering fra DARPA, blant annet på grunn av frykten for “gain-of-function”-forskning. Altså forskning hvor man gjør et eksisterende virus mer farlig for mennesker. Men i den grad slik forskning likevel ble gjennomført med andre finansielle midler fra NIH, sier prosjektbeskrivelsen at rollen til WIV kun var å samle inn koronavirus, mens selve FCS-jobben skulle gjøres ved Universitetet i Nord-Carolina (UNC) i USA (under ledelse av Ralph Baric).

WIV har ikke spesialkompetanse på dette, noe de har ved bl.a. UNC, så det virker rart om dette skulle ha skjedd ved WIV. Samtidig vet vi at det ble gjort forskning på hybridvirus basert på et koronavirus kalt WIV1 i musestudier der, så en nærliggende forskning ble sannsynligvis utført i Wuhan. Det finnes likevel ingen bevis for at WIV noensinne jobbet med å manipulere inn spesifikt FCS i et koronavirus som var likt nok SARS2 til å kunne ha skapt dette.

For å manipulere inn en FCS og skape SARS2 må man ha et virus som er veldig likt å ta utgangspunkt i. Det hadde man ikke ved WIV eller noe annet sted. Det nærmeste man kjente til i 2019 var flaggermusviruset RaTG13, men det er for ulikt SARS2 til å ha kunne blitt brukt til dette formålet ettersom det skiller mer enn 1100 basepar fra SARS2.

Først etter pandemiens utbrudd fant man andre koronavirus som ligner mer på SARS2, eksempelvis RmYN02, RpYN06, og PrC31. Men det som foreløpig ligner mest er BANAL-20-52 som ble funnet i flaggermus i Laos et par år etter pandemiens start. Dette viruset er såpass likt (det skiller seg fra SARS2 med rundt 10-20 år med naturlig evolusjon), spesielt i de områdene av viruset som er sentralt for å kunne smitte mennesker, at det potensielt kunne vært utgangspunkt for SARS2 ved å legge til en FCS.

Men WIV hadde ikke BANAL-20-52 - eller noe annet tilsvarende virus - på det tidspunktet, så de kunne ikke ha gjort det.

Holdt WIV virusdata skjult?

Eller hadde de funnet BANAL-20-52 eller et lignende virus, men holdt det skjult?

Det gir ingen mening, fordi BANAL-20-52 var ikke noe spesielt virus før SARS2 ble oppdaget, så hvorfor skulle man holde det som den gang var et helt ubetydelig virus skjult for allmennheten?

På den annen side skal det ikke mye mutasjoner til for å gjøre BANAL-20-52 om til SARS-CoV-2, så det øker sannsynligheten for naturlig rekombinasjon og dannelsen av en FCS i naturen, noe jeg skal komme tilbake til senere.

Saksynt is a reader-supported publication. To receive new posts and support my work, consider becoming a free or paid subscriber.

WIV samlet inn virus fra flaggermus flere ganger i perioden fra 2011 til 2015 fra et enkelt habitat nær Kunming by, Yunnan-provinsen, Kina. All informasjon om dette var publisert i en database som inneholdt oversikt over alle 22 000 virus og genetiske sekvenser fra ulike virusinnsamlinger fra tidligere år, sist oppdatert sommeren 2019.

Eddie Holmes har også flere ganger fortalt om, og beskrevet i en nå utilgjengelig Twitter-tråd (ettersom han droppet ut av Twitter senere), et manus som forskere ved WIV sendte inn for publisering i 2018 men som ble avvist av tekniske årsaker. Her oppdaget man senere at de hadde nevnt de nyeste virusene sekvensert ved laboratoriet. Ingen av disse var genetisk i nærheten av SARS2, og kunne ikke ha vært brukt som ryggrad til å lage SARS2.

En annen artikkel ble publisert i 2020 og listet alle SARS-virusene laboratoriet hadde. Ettersom denne artikkelen ble sendt inn for publisering allerede i 2019, lenge før det ville være noen grunn til å holde et SARS2-lignende virus hemmelig, er det ytterligere evidens for at WIV ikke satt på noe SARS2-lignende virus de kunne brukt som ryggrad for å skape SARS2.

Amerikansk etterretningstjeneste har også konkludert med at WIV ikke hadde noe virus de kunne brukt til å lage SARS2.

Så gikk denne databasen offline 12. september 2019, noe som har skapt konspiratoriske ideer om at dette skjedde for å holde noe skjult. Denne teorien unnlater å nevne at databasen stadig vekk var utilgjengelig både før og etter denne datoen:

Tilgangen var veldig ustabil lenge før 12. september 2019, så stabil en kort periode, før den gikk offline. Så kom den tilbake igjen mot slutten av året, var ustabil, før den igjen forsvant i slutten av februar 2020.

Den offisielle forklaringen var at databasen ble utsatt for hackingforsøk, og dermed tatt ned, men vi vet ikke om dette er den fulle sannheten. Kanskje ble den tatt ned fordi et laboratorieuhell hadde smittet en forsker der med SARS2?

Ble forskere ved WIV smittet av SARS2 høsten 2019?

Det gir egentlig ingen mening, fordi det finnes ingen evidens for at noen forskere ved WIV ble smittet av covid-19 så tidlig (ryktene om sykehusinnlagte laboratorieansatte holder ikke vann), som beskrevet i forrige bloggpost. Og hvis de hadde blitt det, så stemmer ikke det overens med smittetallene i desember.

SARS2-smitte fordoblet seg i starten hver 3,5 dag. Med en slik eksponentiell vekst ville et smitteutbrudd allerede i august/september medført at millioner av kinesere ville vært smittet i desember, med overbelastede sykehus og en veldig synlig epidemi utover høsten. Men første kjente smittetilfelle er fra tidlig i desember, da fortsatt veldig få var smittet. Ergo kan ikke smitteutbruddet ha startet før tidligst i november, ellers går ikke regnestykket opp.

En såkalt supersprederhendelse ved våtmarkedet kunne også vært en forklaring. Kanskje noen allerede var smittet tidligere på høsten, kanskje noen ved laboratoriet, og først da de senere besøkte våtmarkedet startet de et smitteutbrudd? Men de serologiske og epidemiologiske funnene støtter ikke denne hypotesen.

Dette nå beryktede våtmarkedet i Wuhan er ikke veldig tett befolket. Det finnes mer enn 1500 områder i storbyen, som har rundt 12 millioner innbyggere, hvor det ville være mye større sjanse for et virusutbrudd enn på våtmarkedet, som f.eks. togstasjoner og kjøpesentre. Det som gjør at Huanan våtmarked skiller seg fra andre mye mer tett befolkede steder i byen, er at de hadde dyr i fangenskap som vi vet kan bære SARS2.

Hvis vi ser på geografien, så er det også mange slike tett befolkede knutepunkter nærmere WIV enn Huanan våtmarkedet. Så hvis smitten startet med en laboratorieansatt som senere smittet andre, er det statistisk sett lite sannsynlig at det ville ha skjedd på et våtmarked som ligger en halvtimes kjøring unna WIV.

Så det at man både ser at smitten sprer seg ut fra markedet, og at markedet beviselig hadde levende dyr av arter (sivetter og mårhunder1) som vi vet kan ha SARS2, er en kraftig pekepinn om at viruset også stammet derfra. Hvis ikke ville en “supersprederhendelse” fra et allerede smittet menneske mye mer sannsynlig ha skjedd et helt annet sted.

WIV, våtmarked og geografi

Vi har også tydelige tegn på at smitten startet med to ulike linjer av SARS2, nemlig linje A og B. I følge den molekylære klokken splittet disse to linjene seg ut sent i november eller veldig tidlig desember 2019. Linje B-varianten ble funnet i rundt 2/3 av alle smittede i starten av pandemien, og linje A-varianten i rundt 1/3.

Rent matematisk betyr det at med en dobling av smitte hver 3,5 dag, bør variant B ha smittet et menneske minst 3-4 dager før variant B. Det er den mest sannsynlige årsaken til at man fant det doble antallet smittede med variant B i etterkant. Det betyr også at det må ha vært flere smittehendelser fra dyr til mennesker inne på markedet, både med linje A og linje B (og kanskje andre som aldri spredde seg videre og som vi derfor ikke har sett), over flere dager.

Hvorfor er dette viktig? Jo, fordi man har i serologiske prøver funnet spor av både linje A og B inne i våtmarkedet, noe som også gjør det høyst usannsynlig at smitten startet der via et menneske utenfra. Det ville i så fall kreve at en laboratorieansatt, som bare kunne vært smittet med linje A, måtte ha smittet mange nok andre mennesker (eller dyr) til at linje B utviklet seg, og så måtte begge disse ha besøkt våtmarkedet og smittet folk (eller dyr) der. Uten at de smittet mennesker noen andre steder enn våtmarkedet først.

Det gir ingen mening. Den statistiske sjansen for å finne begge linjene i og rett ved våtmarkedet hvis de ikke opprinnelig stammet derfra, er svært lav.

Hvis det var en laboratorieansatt som først ble smittet, så ville ikke vedkommende kunne smitte noen på våtmarkedet (eller andre steder) med to ulike varianter av viruset med flere dagers mellomrom. Men ville dyr i bur på våtmarkedet med de ulike variantene kunne derimot utsatt mennesker for smitte gjentatte ganger over flere dager, og på den måten skapt en slik spredning som dataene i etterkant stemmer overens med.

Rent tidsmessig holder heller ikke denne hypotesen vann. Hvis WIV hadde BANAL-20-52 eller tilsvarende virus, og ville holde det skjult, så måtte dette viruset blitt oppdaget etter august 2019. Men det betyr at de i løpet av bare rundt tre måneder måtte ha funnet viruset, identifisert og katalogisert det, sekvensert genomet, manipulert inn en FCS (uten særlig kompetanse på dette), dyrket frem mange nok virus i laboratoriemus (uten synlige spor i genomet i ettertid), og så smittet noen ved et uhell i løpet av så kort tid.

Det er ikke praktisk mulig.

To av de tre første kjente tilfellene kunne knyttes direkte til vårmarketed, og 28 % av alle tilfeller oppdaget i desember 2019 var også det. Hele 55 % av alle tilfeller oppdaget i desember 2019 hadde en tilknytning til våtmarkedet i Huanan eller tilsvarende markeder. I analyser gjort av smittetilfeller finner man at de tydelig springer ut fra våtmarkedet, og i den grad det skulle skyldes en test-skjevhet, hvor flere fra det området ble testet for covid, så så man samme mønster med dødsfall fra “lungebetennelse” tidlig i januar. Og - man finner ingen slike smitte-clustere knyttet til andre steder i Wuhan, inklusive WIV.

Det gir ingen mening at alle ulike former for analyser, enten det er kartlegging av tidlig smittede, data om øverdødelighet, data fra mobilapper osv, alle peker mot Huanan våtmarked som episenter, mens ingen peker mot noe annet sted, som f.eks. WIV, hvis ikke våtmarkedet faktisk var episenteret.

Genetiske spor viser naturlig evolusjon

Hvis smitten kom fra en forsker ved WIV, så ville også SARS2 har bært preg av tilpasninger til laboratoriemus, noe man heller ikke har funnet spor av. I tillegg ville det være vanskelig eller umulig å dyrke frem SARS-koronavirus med FCS i mus, ettersom FCS ikke gir noen evolusjonær fordel der, og dermed ville blitt naturlig selektert bort.

For å dyrke frem slike virus måtte det helst ha skjedd i menneskelige lungeceller eller dyr som er genetisk endret til å ha ACE2-reseptorer, f.eks. humaniserte mus, men da ville også viruset vært tilpasset smitte i mus, blant annet med en spesifikk mutasjon i spike-proteinet kalt N501Y. Men de tidligste variantene av SARS2 kunne ikke smitte ville mus, og manglet mutasjoner som lignet på N501Y. Ergo peker det også i retning av at viruset ikke kunne ha kommet fra infiserte laboratoriemus.

I tillegg er det slik at måten FCS finnes i genomet til SARS2 er totalt annerledes enn måten FCS er “dyttet inn” i koronavirus i alle tidligere forsøk som er gjort.

DNA er bygget opp at følgende fire nukleotider: Adenin (A), Guanin (G), Cytosin (C) og Tymin (T), mens RNA er bygget opp av Adenin (A), Guanin (G), Cytosin (C) og Uracil (U). Disse danner lange kjeder som vi kjenner som DNA- og RNA-molekyler.

Et sett med tre nukleotider, f.eks. CGG eller ACG, kalles et kodon, og en serie med tre kodoner koder for en aminosyre.

Som tidligere forklart må piggproteinet på SARS2-viruset klippes ved hjelp av enzymet furin i FCS som består av 12 kodoner, eller fire aminosyrer, i RNAet til viruset. Furin reagerer med proteinet der den ser aminosyresekvensen RxxR, hvor R er aminosyren arginin, og x er en av de andre 19 aminosyrene alle våre proteiner er bygget opp av.

Furin virker best hvis den ser RRxR eller RxRR, og aller best ved RRKR.

I SARS2 sin FCS er aminosyresekvensen RRAR.

Av syv ulike koronavirus som smitter mennesker, har fire av dem FCS, inkl noen som gir forkjølelse, samt det mer dødelige MERS. (SARS1 har ikke FCS.) Man finner også FCS i mange andre koronavirus, dog (ennå) ikke i den spesifikke undergruppen som SARS2 tilhører (annet enn i SARS2 selv)

Sammenligner man SARS2-viruset med RaTG13, så finner man mange likheter, bortsatt fra denne PRRA-sekvensen som er ny, og som for mange virket mistenkelig tidlig i 2020.

Men som tidligere nevnt består hver aminosyre av tre kodoner. Ulike kombinasjoner av kodoner kan kode for samme aminosyre. Og når man ser på SARS2 ser man noe rart:

Den innskutte sekvensen PRRA er ikke på “riktig sted”. Aminosyresekvensen PRRA er forskjøvet med en bokstav/nukleotid. Den er “out-of-frame”, altså ikke plassert på et naturlig sted i rekkefølgen av nukleotider. Den starter på feil sted.

Det er lite sannsynlig at et menneske som skulle spleise inn aminosyresekvensen PRRA i en genetisk ryggrad (eksisterende virus) ville gjort det på denne måten, fordi det har ingen spesifikk nytteverdi, og øker bare risikoen for at viruset ikke vil “virke” etterpå. Det peker klart mot en naturlig mutasjon.

I tillegg nevnte jeg at PRRA ikke i seg selv er FCS. Den består av RRAR, altså de tre siste aminosyrene i (P)RRA pluss en etterfølgende R som var der fra før. Sekvensen er altså (P)RRAR, som du ser av bildet over. Så hvorfor skulle forskere ville dytte inn en P i starten, når den er unødvendig? Viruset hadde jo allerede en R på slutten, så man trengte bare å legge til RRA foran, så ville det gitt oss RRAR - en FCS.

Peter Miller, forfatteren av denne bloggposten, som jeg har hentet mye informasjon fra og som du absolutt bør lese i sin helhet, har sett på tidligere studier hvor man har skapt en FCS i virus, og oppsummerer funnene slik:

A 2006 US study inserted RRSRR into the S1-S2 site in a SARS-CoV-1 pseudovirus.
A 2009 US study inserted RRSRR into the S1-S2 and S2’ site in a SARS-CoV-1 pseudovirus.
A 2008 Japanese study inserted KRRKR into S2’ site in a SARS-CoV-1 pseudovirus.
A 2014 Dutch study inserted RRRRR, into S2’ in a mouse hepatitis coronavirus (pseudovirus).
A 2019 Chinese study inserted RRKR into S2’ in a chicken virus (gamma-CoV infectious bronchitis virus).

Det finnes ingen publiserte data eller spor av at WIV noensinne har forsøkt dette, og generelt sett har det ikke blitt forsøkt så veldig ofte i det hele tatt. Vi vet også at slik forskning normalt skjer med “trygge pseudovirus”, f.eks. WIV1 og tilsvarende, ikke virus som kan smitte mennesker. I denne sammenhengen ville det naturlige vært å forske på SARS1-virus, som ikke har FCS, og legge til en FCS der for å se effekten. Men SARS1 er alt for ulikt SARS2 til å kunne ha vært ryggraden de brukte.

De har tradisjonelt sett også alltid brukt veldig effektive varianter av FCS som RRKR eller RRSRR. Varianter av RxxR hvor x er P og A har aldri blitt forsøkt brukt, rett og slett fordi det vil være en mindre effektiv FCS.

Thanks for reading Saksynt! This post is public so feel free to share it.

PRRAR, som vi ser i SARS2, gir en betydelig dårligere FCS enn allerede kjente sekvenser som har vært brukt før med hell. Hvorfor ville da forskere ved WIV benyttet en svakere/dårligere variant? Det gir lite mening annet enn om det var en naturlig mutasjon hvor slike hensyn ikke tas.

Og siden 2019 er det funnet flere virus med naturlige mutasjoner på samme sted som SARS2 har nettopp PRRAR i genomet:

Som du kan se har alle disse en P først og en A til slutt. Det finnes altså en naturlig presedens for at dette kan skje, men ingen presedens for at mennesker ville gjort det slik.

Mer om kodoner og tilfeldigheter

Hver aminosyre er som nevnt bygget opp av tre kodoner, men ulike kombinasjoner av disse kan gi samme aminosyre. P (aminosyren prolin) kan for eksempel være kodet som CCT, CCC, CCA, eller CCG.

Det vi også ser er at P både i SARS2 og de andre fire naturlige virusene over er kodet som CCT. Med andre ord ser vi at SARS2 har kodet for prolin ved hjelp av den samme nukleotidsekvensen (kodonet) som andre naturlige koronavirus, selv om det finnes flere andre muligheter. Det peker også mot at FCS er resultat av en naturlig rekombinasjon mellom to naturlige koronavirus.

Evolusjon har også forbedret effektiviteten av viruset og etter hvert erstattet P med andre aminosyrer som virker bedre. Mens den originale Wuhan-varianten av SARS2 hadde aminosyresekvensen PRRAR i sin FCS, har Alfa-varianten HRRAR, og Delta-varianten RRRAR, som gjorde dem mer smittsomme og sykdomsfremkallende.

Hvis man skulle optimalisere et virus for menneskelig smitte i et laboratorium, er det rart å både spleise inn en FCS “out-of-frame”, med en aminosyresekvens som aldri er testet før, og som vi vet er mindre effektiv enn andre som er testet før.

La meg sitere fra en annen artikkel om dette hvor Miller deltok i en debatt om nettopp lablekkasje vs naturlig opphav, hvor han sier:

COVID’s furin cleavage site is a mess. When humans are inserting furin cleavage sites into viruses for gain-of-function, the standard practice is RRKR, a very nice and simple furin cleavage site which works well.

COVID uses PRRAR, a bizarre furin cleavage site which no human has ever used before, and which virologists expected to work poorly.

They later found that an adjacent part of COVID’s genome twisted the protein in an unusual way that allowed PRRAR to be a viable furin cleavage site, but this discovery took a lot of computer power, and was only made after COVID became important.

The Wuhan virologists supposedly doing gain-of-function research on COVID shouldn’t have known this would work. Why didn’t they just use the standard RRKR site, which would have worked better? Everyone thinks it works better! Even the virus eventually decided it worked better - sometime during the course of the pandemic, it mutated away from its weird PRRAR furin cleavage site towards a more normal form.

Eller fra denne artikkelen skrevet av noen av de fremste virologene på feltet som forklarer samme problemet:

The SARS-CoV-2 furin cleavage site (containing the amino acid motif RRAR) does not match its canonical form (R-X-R/K-R), is suboptimal compared to those of HCoV-HKU1 and HCoV-OC43, lacks either a P1 or P2 arginine (depending on the alignment), and was caused by an out-of-frame insertion (Figure 2). The RRAR and RRSR S1/S2 cleavage sites in feline coronaviruses (FCoV) and cell-culture adapted HCoV-OC43, respectively, are not cleaved by furin (de Haan et al., 2008). There is no logical reason why an engineered virus would utilize such a suboptimal furin cleavage site, which would entail such an unusual and needlessly complex feat of genetic engineering. The only previous studies of artificial insertion of a furin cleavage site at the S1/S2 boundary in the SARS-CoV spike protein utilized an optimal “RRSRR” sequence in pseudotype systems (Belouzard et al., 2009;Follis et al., 2006). Further, there is no evidence of prior research at the WIV involving the artificial insertion of complete furin cleavage sites into coronaviruses.

Hva så med ENaC α?

Enkelte vil påpeke at dette kanskje ikke er så mystisk likevel, fordi man finner en tilsvarende aminosyresekvens i et protein på menneskelige celler kalt ENaC α, som er “en kritisk komponent i den epiteliale natriumkanalen” og som “er kritisk for kanalens evne til å transportere natriumioner gjennom epitelcellemembraner”. Dette finner man blant annet i celler i våre nyrer, tykktarm og lunger.

ENaC α har også en fungerende FCS, og ettersom denne er godt kjent, kunne det være nærliggende å “pode inn” denne i et koronavirus hvis man ville gjøre det mer smittsomt for mennesker. Både ENaC α og SARS2 sin FCS har aminosyresekvensen RRAR`SVAS, noe som kan virke mistenkelig. Er det helt tilfeldig at SARS2 har en FCS bygget opp identisk som det man finner i mennesker fra før? Tyder ikke det på at noen ved WIV kan ha tatt FCS fra ENaC α og “podet inn” i et hemmelig SARS2-lignende virus for å lage SARS2?

Ikke egentlig. Aminosyren arginin, R i sekvensen PRRAR, kan kodes som CGT, CGC, CGA, CGG, AGA, eller AGG. I SARS2 er aminosyresekvensen RR kodet som CGG CGG, mens i ENaC α er det ikke det. Det er altså store forskjeller i kodingen av FCS mellom SARS2 og ENaC α, og dermed lite sannsynlig at FCS fra menneskelig ENaC α ble brukt til å modifisere SARS2-forløperen, spesielt fordi denne litt spesielle CGG-kodingen for arginin også finnes i andre koronavirus naturlig.

R (arginin) staves som CGG i 20 % av menneskelig DNA. Og tilfeldigvis også i 20 % av flaggermus-DNA. Derfor er det kanskje en naturlig evolusjon bort fra RR stavet som CGG CGG ettersom vårt immunforsvar lettere kan gjenkjenne det som virus-DNA. Likevel ser man at CGG CGG ikke har endret seg i SARS2 selv etter lang tid med evolusjon i mennesker. Det ser ut til å være veldig nyttig i SARS2, og når man har forsøkt å erstatte dette med f.eks. AGG blir viruset mindre effektivt.

Dette kunne ikke forskere ha visst før pandemien, så hvis de valgte å lage en FCS ved å pode inn PRRA out-of-frame på en måte hvor de stavet begge R’ene som CGG, ville det være en utrolig tilfeldighet og flaks. Og å stave arginin som CGG er ikke noen vanlig måte å gjøre det på i tidligere forsøk med å lage en FCS i virus. Alt dette taler altså mot menneskelig intervensjon, noe selv lablekkasje-tilhengere som Alina Chang innrømmer. Det reduserer sannsynligheten altså for at ENaC α sin FCS skulle ha “inspirert” tilsvarende FCS i SARS2, spesielt siden man finner sekvensen R´SVAS i f.eks. BANAL-20-52 og andre SARS-koronavirus.

Men hva med DEFUSE?

Det virker kanskje likevel mistenkelig at det å finne et sarbeco-koronavirus med en FCS “tilfeldigvis” skulle være akkurat det DEFUSE-prosjektet beskrev som målsetning. Men det argumentet holder bare om man overser detaljene.

I beskrivelsen av DEFUSE-prosjektet ville de forsøke å skape en FCS i S2, ikke i området S1/S2, slik vi ser i SARS2. De ville også dyrke det modifiserte viruset i Vero-celler, som er en cellelinje fra ape-nyrer. Men senere forsøk med dette har vist at FCS selekteres bort gjennom naturlig evolusjon og altså forsvinner fra viruset over tid.

Hvis de derfor jobbet på WIV i tråd med prosjektbeskrivelsen fra DEFUSE, så ville både viruset sett annerledes ut - og heller ikke eksistert med en FCS i dag.

Viruset var heller ikke spesielt godt tilpasset mennesker. Det kan smitte en rekke ulike arter, og til og med eksistere som reservoarer i arter uten kontakt med mennesker. Det har siden desember 2019 også fort tilpasset seg mennesker ytterligere ettersom man allerede i januar 2020 fant nye mutasjoner som gjorde viruset mer smittsomt i mennesker.

Hvis viruset hadde smittet mennesker i mange måneder allerede, slik en del lablekkasje-tilhengere argumenterer for, ville det sannsynligvis vært bedre tilpasset mennesker, med synlige mutasjoner fra tidligere tidspunkt, da det endelig ble et større utbrudd.

Forskning og tidsreiser

Så har man attpåtil dette med at kløyvingsstedet i SARS2 har O-linkede glykaner (sukkermolekyler festet til aminosyrene serin eller treonin). Disse påvirker hvordan furin og andre proteaser kan kløyve spike-proteinet, og er helt sentralt for smittsomheten til SARS2.

Men dette ble ikke oppdaget før lenge etter pandemiens start, og dermed kunne ingen forskere ved WIV ha tatt høyde for dette hvis de skulle konstruere en FCS syntetisk.

Et annet problem med FCS i SARS2 er at den finnes i genomet på en helt annen måte enn man ville forventet om det ble kunstig fremstilt. I laboratorier vil man vanligvis endre eksisterende sekvenser gjennom punktmutasjoner. Man vil sjelden legge til helt nye nukleotidsekvenser for å skape FCS, slik man ser spor av i SARS2. Å legge til nye nukleotidsekvenser øker bare risikoen massivt for at noe går galt, og at forsøket vil feile. Å mutere eksisterende genetisk kode er en mye tryggere og vanligere måte å gjøre det på. Likevel er det ikke det vi ser i SARS2.

Men i naturen har vi derimot flere ganger sett at virus kan få uventede innsettinger av 12 eller flere nukleotider. Og i f.eks. HKU1, et annet kinesisk koronavirus oppdaget i 2004 og som ga et lite utbrudd av lungebetennelse/forkjølelse, fant man en innsetting av 15 nukleotider rett ved virusets FCS.

I senere varianter av SARS2, samt noen influensavirus, har man også sett flere slike tilfeldige innsettinger av 12-15 nukleotider gjennom tilfeldige mutasjoner. I 2023 fant man til og med at naturlig rekombinasjon av et koronavirus i skjelldyr førte til naturlig utvikling av en FCS i viruset. Igjen ser vi altså at alt det som trengs for å skape SARS2 allerede finnes i, og skjer i naturen. Og ettersom det i naturen er millioner på millioner av muligheter for virusene å rekombinere og mutere i ulike dyr og mennesker over mange år, er det mye mer sannsynlig at det skjedd der enn at det skulle ha skjedd i en håndfull mennesker som ble smittet i et laboratorium i løpet av noen uker.

På toppen av alt dette så vet vi i dag at RBD (receptor-binding domain) i spike-proteinet til SARS-CoV-2 har en sekvens som er spesielt godt tilpasset for å binde seg til ACE2-reseptoren på menneskelige celler. Dette visste man heller ikke før pandemien, og den egenskapen kan derfor vanskelig ha blitt konstruert syntetisk i et laboratorie. På den annen side har vi sett optimaliseringer her gjennom naturlige mutasjoner i nyere varianter som Omikron, noe som tyder på at dette er noe som kan skje gjennom evolusjon.

Så igjen, hvis forskere ved WIV hadde som mål om å dytte inn en FCS i et eksisterende koronavirus, har de måtte kunne se inn i fremtiden og vite ting ingen visste da, bruke metoder som er helt uvanlige og upraktiske, med virus de ikke hadde, og attpåtil gjøre en veldig slepphendt jobb som i praksis mest sannsynlig ville ha ført til et mislykket eksperiment.

Konklusjon

Til slutt må det nevnes at SARS2 ikke har noen genetiske signaturer som bryter med naturlover, som for eksempel strekkoding. Det er altså ingen tegn i viruset som tyder på at det er genetisk manipulert i et laboratorie. Tvert imot bærer genomet preg av naturlig seleksjon, noe som er svært godt underbygget av etterhvert mange genetiske analyser, og alle dets egenskaper finner man i nært beslektede koronavirus i naturen.

Dette er slik jeg forstår det hovedargumentene for at virologer generelt sett heller mot at SARS2 har et naturlig opphav, heller enn at det er laboratorieskapt. Så uansett hva man måtte mene om håndteringen av saken, med hemmelighold, manglende gjennomsiktighet, og suspekt privat e-postkommunikasjon mellom forskere tilbake i tidlig 2020, så betyr det lite for hva man faktisk har av faktisk virologisk og genetisk evidens nå i 2024.

Og hvis man baserer seg på den, er konklusjonen at SARS-CoV-2 oppstod gjennom naturlig evolusjon den mest nærliggende.

To grundige artikler som går gjennom veldig mye av evidensen for naturlig opphav og mot lablekkasje som bør leses:

Annet interessant lesestoff, videoer og kilder:

Det ble forbudt med sivetter og mårhunder på dyremarkeder etter utbruddet av SARS1 i 2002/2003 ettersom smitten dengang kom fra nettopp disse artene. Men dyrene ble tragisk nok likevel solgt på Huanan våtmarked. ↩